ATAC-seq

ATAC-seq (使用測序法測定轉座酶可及性染色質)是一種用於分子生物學的技術,可評估全基因組染色質可及性。 2013年,該技術首次被描述為 MNase-seq , FAIRE-Seq 和DNase-Seq 的替代高級操作。 ATAC-seq 是表觀比的更快速,更靈敏的檢查 DNase-seq 或 MNase-seq 。

ATAC-seq 通過用高活性突變體Tn5轉座酶探查開放染色質來鑑定可訪問的 DNA 區,該突變體將測序適配器插入基因組的開放區域。雖然發生的轉座酶當然具有低水平的活性,但是 ATAC-seq 採用了突變的高活性轉座酶。在稱為"標記"的操作中,Tn5轉座酶切割並標記了帶有測序接頭的雙鏈 DNA 。標記的 DNA 然後純化片段,PCR擴增並使用下一代測序進行測序。然後,測序分析可用於推斷可及性增加的區域,如定位複制因子結合位點和核小體位置的區域。在單核苷酸分辨率下,一個區域的分析次數與該染色質的開放程度有關。 ATAC-seq 不需要像FAIRE-seq一樣進行超聲處理或苯酚-氯仿提取;沒有像 ChIP-seq 這樣的抗體;並且沒有像 MNase-seq 或 DNase-seq 一樣敏感的酶消化。 ATAC-seq 準備工作可以在三個小時內完成。

圖片103A | 已準備好進行擴增的串聯模板。要放大的目標串聯顯示為綠色。| Surendra Kumar ,Tor Carlsen ,Bjørn-Helge Mevik ,Pål Enger , Rakel Blaalid , Kamran Shalchian-Tabrizi, Håvard Kauserud / CC BY(https: //creativecommons.org/licenses/by/2.0/legalcode)| Page URL :來自Wikimedia Commons的(https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Amplicon.png)

圖片103A | 已準備好進行擴增的串聯模板。要放大的目標串聯顯示為綠色。| Surendra Kumar ,Tor Carlsen ,Bjørn-Helge Mevik ,Pål Enger , Rakel Blaalid , Kamran Shalchian-Tabrizi, Håvard Kauserud / CC BY(https: //creativecommons.org/licenses/by/2.0/legalcode)| Page URL :來自Wikimedia Commons的(https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Amplicon.png)

作者 : John Kaisermann

參考文獻:

分子生物學技術I

分子生物學工具I

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