社區指紋識別的優點是可以快速且相對便宜地執行，並且分析可以同時容納大量樣本。這些特性使社區指紋分析主要可用於監測微生物群落隨時間的變化。以類似的方式，指紋技術不需要一個樣本中的生物具有先驗級聯數據。社區指紋技術的一個缺點是它會產生通常是定性的而不是定量的數據。當使用定性數據時，可能很難比較在不相似的研究中或在不相似的研究者之間觀察到的模式。同樣，社區指紋識別不會直接披露環境樣本中的分類單元，無論如何，某些技術（例如，如果需要識別，則可以分析DGGE。一些作者指出某些指紋方法的結果可重複性差，而另一位作者則批評了豐度估計的準確性和某些技術無法捕獲稀有分類單元的存在。舉例來說， DGGE 操作遇到的細菌少於細菌群落的0.5％-1％。
技術技巧
本節介紹了三種社區指紋識別方法。
末端限製片段長度多態性（ T-RFLP ）
末端限制性片段長度多態性（ T-RFLP ）是一種使用熒光標記的 DNA 片段產生群落指紋的操作。本節簡要介紹了 T-RFLP 在社區指紋識別的特定情況。有關更詳細的解釋，請參考 T-RFLP 。
圖像139A | COBRA的最終定量步驟，其中原始輸入樣品的 DNA 甲基化水平可以通過比較和定量消化和未消化片段的數量來確定。| Jujubix / CC BY-SA（https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode）| Page URL ：來自Wikimedia Commons的（https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Cobra_quantification.svg）
مؤلف : Milos Pawlowski
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