將目的片段基因組 DNA 或互補 DNA （cDNA）克隆到質粒載體中。克隆位點的側翼是含有核酸內切酶限制位點的銜接子序列（在下面討論）。將插入物連接至質粒載體，然後將各個載體轉化到大腸桿菌中，形成 PET 文庫。通過純化質粒並用特異性核酸內切酶消化獲得 PET 序列，在載體的末端留下兩個短序列。在分子內（稀釋）條件下，將載體重新環化並連接，僅留下 ditags 在向量中。現在將克隆特有的序列配對在一起。取決於下一代測序技術， PET 序列可以保留為單數，二聚或串聯成長鏈。
基於無克隆
代替克隆，將包含核酸內切酶連接的銜接子連接至片段化的基因組 DNA 或cDNA 的末端。然後使分子自環化並用核酸內切酶消化，從而釋放 PET 。在測序之前，將這些 PETs 連接至與 PCR 引物退火以擴增的銜接子。基於克隆構建文庫的優勢在於，它可以完整保存片段或cDNA，以備將來使用。但是，構建動作要比無克隆動作長得多。下一代測序公司已在文庫構建上進行了變異，以尋求各自的技術。
圖像235A | 基於克隆和無克隆的 PET 庫構建工作流程。| Jimhuang02 / Public domain | Page URL ：（https://commons.wikimedia.org/wiki/File:PETworkflow.png） from Wikimedia Commons
مؤلف : Milos Pawlowski
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