對作為間隔物切除的噬菌體基因組區域進行生物信息學檢查（稱為protospacer），發現它們不是隨機選擇的，而是被發現與短（3–5 bp） DNA 序列相鄰，稱為protospacer相鄰基序（ PAM ） 。 CRISPR-Cas系統的檢查顯示，PAM對I型和II型非常重要，但在採集過程中對III型系統不重要。在I型和II型系統中，在與 PAM 級聯相鄰的位置切除原型間隔器，並使用尺子機制切割間隔器的另一端，從而不可避免地保持 CRISPR 陣列中間隔器大小的規則性。 PAM 的守恆 PAM CRISPR-Cas系統之間的串聯不同，並且似乎在進化上與Cas1和前導串聯相關。
圖片185A | CRISPR-DR65：二級結構，取自 Rfam 數據庫。家庭RF01378。| Rfam 數據庫/ Public domain | Page URL ：（https://commons.wikimedia.org/wiki/File:RF01378.png） from Wikimedia Commons
مؤلف : John Kaisermann
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